По мнению представителя Владимира Якунина, деловая репутация экс-главы РЖД пострадала из-за публикаций двух журналистов «Новой газеты». На них и на само издание подан иск в Басманный суд с требованием выплатить в общей сложности 5 млн рублей.
Судебный иск предполагает выплату компенсации в размере 2 млн рублей. Еще 3 млн должны будут заплатить два журналиста. Якунин обещает полученную сумму вложить в развитие журналистики и в благотворительность для детей.
Представитель Якунина Григорий Левченко сообщил РБК, что журналисты Андрей Сухотин и Ирек Муртазин ответственны за публикации с оскорбительными сведениями, не имеющими ничего общего с правдой. Левченко утверждает, что ситуацию пытались уладить, требуя от газеты опровержения. Результат не последовало. Главный редактор «Новой газеты» Сергей Кожеуров, по его словам, о судебном иске ничего не знает.
12 октября 2018 года «Новая газета» разместила материал «Особо важное убийство. Как могут быть связаны расстрел следователя Шишкиной, миллиарды полковника Захарченко, расследование ФБК и бизнес-интересы сына экс-главы РЖД». Автором публикации выступил Ирек Муртазин. По мнению экс-главы РЖД там содержится информация, которая порочит его доброе имя и репутацию». Автор статьи связал убийство следователя Евгении Шишкиной с коррупцией в области продаж электронных билетов РЖД, что связно с личностью Якунина.
